会社法が施行（平成18年5月予定）されると同時に有限会社法が廃止されます。これにより有限会社を新しく設立することは出来ません。
既存の有限会社は、これを機会に、一つは有限会社のまま生き、一つは通常の株式会社として生きるという、二つの方法が選択できます。
有限会社として生きる方法は、その商号の中に「有限会社」という文字を使用し、これを「特例有限会社」と呼び、「有限会社」のままでいることができますが、やや複雑ですが、以後は会社法の規定による株式会社として存続することになります。
此の特例有限会社の「定款」、「社員」、「持分」、及び「出資１口」は、株式会社の「定款」、「株主」、「株式」、及び「１株」とみなされます。
此の存続する株式会社の、施行日における発行可能株式総数及び発行済株式総数は、旧有限会社の資本の総額を出資１口の金額で除して得た数とするとされています。
通常の株式会社として生きる方法は、株主総会の決議により定款を変更（※）して、その商号中に「株式会社」という文字を用いる手続きをし、特例有限会社については解散登記をし、商号変更後の株式会社については、設立の登記をすることになります。
商号変更により簡単に正規の株式会社に移項することが出来ます。
定款の変更（※）
会社の設立には発起人が定款を作成し、必ず公証人の認証を受けなければ、その効力を生じません。
此の定款を「原始定款」と言います。原始定款は会社経営の必要からその内容を変更する事項が発生し株主総会の特別決議により変更することがあります。その場合には公証人の認証を受ける必要はありません。
変更後の定款が合法且つ真正であることを証するために、代表取締役が「原本に相違ありません」旨を記載し記名捺印することが必要です。
ただし、定款の絶対的記載事項の変更については、変更登記が必要です。
会社法が施行されますと、既存の有限会社がそのまま特例有限会社として存続できますが、特例有限会社には株式会社に無い次のメリットがあります。
会社法施行後、商号変更をして有限会社から株式会社に組織変更をした場合、商業登記上は、有限会社の解散登記及び株式会社の設立登記という形をとりますが、税務上は、法人税法基本通達1-2-2（組織変更の場合の事業年度）により「その解散又は設立は無かったものとして取り扱う、従って当該法人の事業年度はその組織変更によって区分されず継続することに留意する」とあります。 従って有限会社と株式会社は同一法人として事業年度は区分されず、青色申告の取り扱い、繰越欠損金等の取り扱い等は組織変更後の株式会社に引き継がれます。